國立高雄師範大學性別教育研究所於民國89年正式成立，是全國第一個從事性別平等教育專業師資與實務工作者養成之高等學術研究單位，也是一個性別平等教育師資培養及相關主題推動專才訓練的園地。本所除了提供國內教師性別平等教育在職進修管道，也積極整合性別研究相關資源，藉由舉辦相關學術活動，提供國內性別研究人才交流研究成果，並積極發展符合世界潮流且兼具本土特色之性別研究理論與實務，間接提昇我國性別研究之國際學術地位。
另外，歷經辛苦籌畫，性別教育博士學位學程也獲准成立，於100學年開始招生，此一跨領域博士學位學程將扮演關鍵角色功能，積極培育本土性別教育研究人才，也將間接促進高等教育之性別主流化之推動成效。
本所由謝臥龍副教授擔任創所所長；自民國92年起，由游美惠教授兼所長，繼續推動所務；民國95年8月1日起，由蔡麗玲副教授兼所長推動所務 ，民國98年8月1日起，由游美惠教授兼所長推動所務，民國101年8月1日起，由蔡麗玲副教授兼所長推動所務 ，自民國104年8月1日起，由游美惠教授兼所長持續推動所務。
(一)全國也是亞洲第一個從事性別平等教育專業師資與實務工作者養成之高等學術研究單位。
(二)提供國內教師性別平等教育在職進修管道。
(三)整合性別研究相關資源而成立的性別平等教育資料與諮詢中心。
(四)培養性別平等教育師資及訓練相關主題推動專才的園地。
本所課程規劃旨在強調知識論與方法論之結合，著重質與量並重的研究訓練，期使學子具備基本性別研究能力，畢業學分共為32學分。
一、碩士班：
（一）必修課程：性別教育研究、性別研究法、女性主義理論研究、性別教育專題討論。
（二）選修課程區分成三群組：基礎核心課程 ，課程、教學與輔導，社會、文化與行動。
二、博士學位學程
（一）必修課程：性別研究方法論、女性主義理論與應用專題研究、性別教育專論。
（二）選修課程區分成五群組：性別理論與研究法，性別、課程與教學，性別與政策，性別諮商與輔導，性別議題跨領域研
究 。
(一)培養國內性別研究人才資源，進行性別相關學術研究。
(二)結合性別研究成果，推展本土性別教育。
(三)配合「性別主流化」之世界潮流，發展兼具本土特色之性別教育理論與實務。
性別教育研究所其經由教學、研究與社區服務，而對未來展望為：
(一)從事性別教育相關學術研究。
(二)研發性別平等教育課程與教學。
(三)培養性別平等教育的專業人才。
(四)建構無性別歧視教育環境。
(五)提供國內教師性別平等教育在職進修。
(六)成立國內性別平等教育諮詢中心。
(七)整合性別研究與實務工作相關資源。
(八)配合「性別主流化」之世界潮流，協助政府機關進行相關計畫之推動。
性別教育研究所碩士養成課程，著重質量並重的研究訓練、知識論與方法論結合，旨在培訓性別平等教育與性別研究專業人員，包含： (一)中等教育學程教師； (二)性別平等教育研究者； (三)性別平等教育實務工作者。
本所研究生來源非常多元，包括國內各公私立大學社會系、社工系、英文系、中文系、輔導系、哲學系與教育系等等，顯現性別教育研究所科際整合的特色。
本所畢業生未來出路非常多元，在進修方面，本所畢業生可以銜接其大學時所學專長，結合性別研究專長，攻讀國內外社會科學相關系所。在就業方面，本所學生的紮實訓練，也成為政府機關以及民間團體極力吸收的人才，不管是研究、記者、編輯、評論、出版、傳播、文化等工作，均可勝任。而本所原從事教職、或在社教機構、或民間團體任職的在職研究生，學成後均能回到原工作崗位，發揮所學，或者獲得拔擢升等的機會。
(一)碩士班：
一般國、私立大專院校與其同等學歷，並對性別研究有興趣者，皆歡迎報考 。
共招收15名碩士班研究生，其中一般生7名，甄試生錄取8名。
(二)性別教育博士學位學程：
教育部認可之國內外公立或已立案之私立大學、獨立學院畢業，或有碩士（含）以上學位者，並對性別研究有興趣者，
皆歡迎報考，共招收5名。